Les bassins versants du Nord-Est du Bas-Saint-Laurent drainent un territoire d’une superficie de 8 154 km². Ce dernier se caractérise par 13 742 kilomètres linéaires de cours d’eau, dont la majorité coulent vers le fleuve. Ces cours d'eau sont organisés en quatre principaux bassins versants de plus de 900 km². Ces bassins sont subdivisés en 145 bassins plus petits (sous-bassins versants d'ordre 1) qui se subdivisent ensuite en 210 sous-bassins versants d’ordre 2. 

Le territoire traverse sept des huit municipalités régionales de comté (MRC) du Bas-Saint-Laurent soit celles du Témiscouata, de Rivière-du-Loup, des Basques, de Rimouski-Neigette, de La Mitis, de La Matapédia et de la Matanie. Ainsi, 66 municipalités et 13 territoires non organisés (TNO) s’y retrouvent en totalité ou en partie. Parmi ceux-ci, 33 municipalités et 1 territoire non organisé sont totalement inclus dans les limites de la zone.

Rivière Matane : 1 678 km²

Rivière Mitis : 1 801 km²

Rivière Rimouski : 1 613 km²

Rivière des Trois-Pistoles : 934 km²

Rivière des Grands-Méchins : 97 km²
Rivière Blanche : 223 km²
Rivière Tartigou : 239 km²
Rivière Germain-Roy : 59 km²
Rivière du Bic : 197 km²
Rivière du Sud-Ouest : 192 km²